SQI SEQUENCE_INFORMATION:
SQI "../../Test/gal4.seq"
SQI 1 1 1 >YBR018C	(1-500, A:164, C:85, G:102, T:149)
SQI 2 1 2 >YBR019C	(1-500, A:150, C:89, G:110, T:151)
SQI 3 1 3 >YBR020W	(1-600, A:196, C:129, G:97, T:178)
SQI 4 1 4 >YLR081W	(1-500, A:160, C:86, G:107, T:147)
SQI 5 1 5 >YML051W	(1-500, A:143, C:131, G:77, T:149)
SQI 6 1 6 >YOR120W	(1-500, A:157, C:101, G:107, T:135)
SQI total_sequence_groups 6
SQI SYMBOL_FREQUENCY_INFORMATION:
SQI sym	freq	count
SQI  A	0.313	970
SQI  C	0.2	621
SQI  G	0.194	600
SQI  T	0.293	909
SQI total_symbols 3100
SQI
PRI -f ../../Test/gal4.seq 
PRI -F (NA) 
PRI -a (NA) 
PRI -b (NA) 
PRI -c OFF
PRI -d 0.9
PRI -e (NA) 
PRI -g (NA) 
PRI -h OFF
PRI -i 1000
PRI -k -1
PRI -j ON
PRI -l 8
PRI -li 1
PRI -L 8
PRI -m 1
PRI -N 5000
PRI -p (NA) 
PRI -P 1
PRI -q OFF
PRI -r 100
PRI -R 111111 
PRI -Rmax 10
PRI -s 2
PRI -S 1160408897
PRI -t nan
PRI -T nan
PRI -u (NA) 
PRI -v 1
PRI -version OFF
PRI -V 0
PRI -w (NA) 
PRI -W 2.5
PRI -x (NA) 
PRI -X (NA) 
PRI -y 0
PRI -z 2000
PRI -sep > 
PRI -minV 6
PRI -cc 0.8
PRI -filter ON
PRI -msmf 0.3
PRI -aln (NA) 
PRI -rank OFF
PRI  symbol_priors_used
PRI   A  0.313
PRI   C  0.200
PRI   G  0.194
PRI   T  0.293
PRI  symbol_weight_ranges
PRI   A [-2.90,  2.90]
PRI   C [-4.02,  4.02]
PRI   G [-4.11,  4.11]
PRI   T [-3.07,  3.07]
REPORTING 1 of 1 width 8 (times_found=1)
RUN  RANK 1  1  877
RUN               SCORE  9.04
RUN INFORMATION_CONTENT  5.86
STR    n      S    Lpos   sites       Rpos  seq
STR    1 11.921    231   GGCATTAT    -270  >YLR081W
STR    2 11.921    442   GGCATTAT     -59  >YBR018C
STR    3 11.228     48   CGCATTAT    -453  >YBR019C
STR    4 11.115    397   AGCCTTAT    -204  >YBR020W
STR    5 10.624     99   GGCCTTCT    -402  >YML051W
STR    6  9.931    204   CGCCTTCT    -297  >YOR120W
RUN      ALIGNMENT_CONS  nGCnTTAT
RUN        WEIGHTS_CONS  GGCATTMT
ALR   /     1     2     3     4     5     6     7     8
ALR   #------------------------------------------------
ALR  A|     1     0     0     3     0     0     4     0
ALR  C|     2     0     6     3     0     0     2     0
ALR  G|     3     6     0     0     0     0     0     0
ALR  T|     0     0     0     0     6     6     0     6